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ISSN : 1226-9999(Print)
ISSN : 2287-7851(Online)
Korean J. Environ. Biol. Vol.36 No.2 pp.131-139
DOI : https://doi.org/10.11626/KJEB.2018.36.2.131

Effect of Water Temperature on the Expression of Stress Related Genes in Atlantic Salmon (Salmo salar) Fry

Hee Woong Kang, Kwang Il Kim1, Hyun Jeong Lim2, Han Seung Kang3,*
Aquaculture Management Division, National Fisheries Research & Development Institute, Busan 46083, Republic of Korea
1Pathology Research Division, National Fisheries Research & Development Institute, Busan 46083, Republic of Korea
2Aquaculture Industry Research Division, East Sea Fisheries Research Institute, Gangneung 25435, Republic of Korea
3Department of Genome Research, MS BioLab, Daejeon 34576, Republic of Korea
Corresponding author: Han Seung Kang, Tel. 042-632-9753, Fax. 042-632-9753, E-mail. hanseungkang66@gmail.com
03/04/2018 26/04/2018 30/04/2018

Abstract


The warming of water as a result of climate change affects fish habitat. Variations in water temperature affect fish physiology almost totally. The rise in water temperature due to climate change leads to hypoxia following decreased oxygen solubility and decreased binding capacity of oxygen-carrying hemoglobin. This study was conducted to evaluate the health status of Atlantic salmon (Salmo salar) fry at elevated water temperatures (20°C) compared with optimum water temperature (15°C). The method facilitated the detection of biomarker genes using NGS RNAseq analysis and evaluation of their expression pattern using RT-qPCR analysis. The biomarker genes included interferon alpha-inducible protein 27-like protein 2A transcript variant X3, protein L-Myc-1b-like, placenta growth factor-like transcript variant X1, fibroblast growth factor receptor-like 1 transcript variant X1, transferrin, intelectin, thioredoxin-like, c-type lectin lectoxin-Thr1-like, ladderlectin-like and calponin-1. The selected biomarker genes were sensitive to changes in water temperature based on NGS RNAseq analysis. The expression patterns of these genes based on RT-qPCR were similar to those of NGS RNAseq analysis.


Salmo salar , water temperature , biomarker gene , NGS RNAseq , RT-qPCR

수온이 대서양 연어 (Salmo salar) 치어의 체내 스트레스 관련 유전자 발현에 미치는 영향

강 희웅, 김 광일1, 임 현정2, 강 한 승3,*
국립수산과학원 양식관리과
1국립수산과학원 병리연구과
2동해수산연구소 양식산업과
3엠에스바이오랩 유전체연구부

초록

    National Fisheries Research and Development Institute
    R2018005

    서 론

    해양에 서식하는 생물들은 수온, 산소 및 염분 등의 환경 요인에 많은 영향을 받으며 생활하고 있다. 특히 기후변화 에 의한 수온의 변화는 생물의 서식처나 회유경로 변화 등 에 영향을 미치는 것으로 알려져 있고, 또한 생물의 항상성 에 영향을 주어 스트레스를 유발한다고 알려져 있다 (Caissie 2006; Crossin et al. 2008). 이러한 환경요인은 자연 생태계 에 서식하는 생물뿐만 아니라 양식어업에도 영향을 미쳐 성 장, 생식, 대사 및 삼투압조절 등 양식생물의 생리적 변화로 인해 질병 및 폐사 등이 발생하여 생산성 저하를 일으킨다 고 보고되었다 (Wedemyer and McLeay 1981; Chapple et al. 1998; Kang et al. 2007; Kang et al. 2008; Choi et al. 2009).

    연어를 대상으로 한 연구에서 수온은 이동, 은화 (smoltification), 개체의 성장 및 생존에 영향을 미친다고 알려져 있 으며, 초기 발생과정에서 수온의 변화는 배아의 생존 및 형 질 형성 등에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다 (McCormick et al. 1999; Swansburg et al. 2002; Crossin et al. 2008; Elliott and Elliott 2010; Somero 2010; Burt et al. 2012; Hevrøy et al. 2012; Morita and Nakashima 2015). 수온의 변동은 어류 생리의 거의 모든 부분에 영향을 미치는 것으로 알려져 있 다 (Somero 2004). 기후변화에 의해 야기될 수 있는 수온의 상승 변화는 산소 용해도의 감소 및 산소를 운반하는 헤모 글로빈 (hemoglobin)의 결합 능력의 감소를 통한 저산소증 (hypoxia)을 유발할 수 있다 (Quinn et al. 2011a).

    수온의 상승 및 저산소증과 관련하여 유전자 발현의 변화 에 관련한 연구들이 연어 (Somero 2004; Evans et al. 2011; Quinn et al. 2011a, b), 저온 적응 남극 서식 어류 (Thorne et al. 2010; Windisch et al. 2011) 및 어류 (Kassahn et al. 2007; Healy et al. 2010; Logan and Somero 2011: Liu et al. 2013)에 서 보고되었다. 연구결과 수온의 상승에 따라 어류에서 많은 과정에 관여하는 유전자들의 차등 발현이 나타났다. 대표적 으로 heat shock proteins (Healy et al. 2010; Evans et al. 2011; Logan and Somero 2011; Quinn et al. 2011a), cell growth (Kassahn et al. 2007), cell cycle arrest and apoptosis (Logan and Somero 2011), inflammatory response (Thorne et al. 2010) 및 oxidative stress (Thorne et al. 2010) 등이다.

    본 연구는 연어목 (Salmoniformes), 연어과 (Salmonidae) 어 류인 대서양 연어 (Atlantic salmon, Salmo salar) 치어를 대상 으로 적정 사육수온보다 높은 고수온이 치어에게 미치는 스 트레스로 인한 건강 상태를 평가하는 방법의 한가지로 생체 지표유전자 (biomarker gene)의 발현 양상을 이용한 평가에 목적을 두고 생체지표유전자의 발굴 및 평가를 수행하였다. 분자생물학적 연구방법을 통한 연구는 생물체의 유전정보를 분석하고 활용하는 데 있어 새로운 도구와 방법론을 제공하 고 있다. 환경요인의 변화에 따른 유전자 발현의 변화는 생물 체의 건강 상태를 평가하는 데 있어서 유용한 방법으로 이러 한 생체지표유전자를 이용한 평가는 저비용으로 신속하게 개 체의 상태를 평가할 수 있는 장점이 있다. 생체지표유전자의 발굴을 위하여 차세대유전체분석법 (NGS; Next Generation Sequencing) RNA-seq을 이용하여 대서양 연어 치어 전사체 유전자 발현 확인 및 수온 변화에 차별적으로 발현하는 유전 자를 확인 및 선별한 후, 수온변화에 따른 스트레스 정도를 RT-qPCR 방법을 이용하여 유전자 발현 양상을 확인하였다.

    본 연구에 생체지표유전자로 평가에 선정된 interferon alpha-inducible protein 27-like protein 2A transcript variant X3, protein L-Myc-1b-like, placenta growth factor-like transcript variant X1, fibroblast growth factor receptor-like 1 transcript variant X1, transferrin, intelectin, thioredoxin-like, ctype lectin lectoxin-Thr1-like, ladderlectin-like, calponin-1 등의 유전자는 대서양 연어 치어 고수온 노출 개체를 대상 으로 NGS RNAseq 연구 수행을 통해 발굴된 다수의 유전자 중에서, 생체지표유전자로 매우 유용한 역할을 기대하며 관 심을 가진 유전자들이다.

    재료 및 방 법

    1 실험동물

    대서양 연어 치어 (11.9~13.5 cm)는 2017년 강원도 영월 군 김삿갓면에 소재한 옥동양어장에서 구입하여 유수식 사 육장에서 사육하며 실험하였다 (Fig. 1). 대서양 연어의 성장 을 위한 적정 수온은 15°C로 알려져 있다 (Nuez-Ortin et al. 2018). 본 연구의 목적은 수온의 상승이 대서양 연어 치어에 게 미치는 스트레스를 알아보기 위한 연구로서 연어 치어의 수온에 따른 노출은 대조구 (15°C) 및 실험구 (20°C)에서 3시 간 시행하였다. 각 실험구별로 10마리 치어를 노출시킨 후, 혈액성상 분석을 시행하여 스트레스 지표로 알려진 cortisol 및 glucose 농도를 측정하였다. 각각의 실험구에서 실험어의 선택은 대조구의 경우 cortisol 및 glucose 농도의 수치가 상 대적으로 낮은 것을 선정하였으며, 고수온 실험구에서는 cortisol 및 glucose 농도의 수치가 상대적으로 높은 것을 선정 하였다. 실험어는 각각 7마리로서 대조구 및 실험구에서 각 각의 개체번호 1, 2, 3, 4, 5, 6 및 7번 개체를 선정하여 실험 에 사용하였다 (Table 1). 선정된 실험어에서 각각 간 조직을 수집한 후에 액체질소를 이용하여 동결 전처리 후 -80°C 초저온 냉동고에 보관하였다.

    2 Total RNA 추출

    Total RNA 추출은 GeneAll RiboEx kit (GeneAll Biotechnology Co., LTD, Seoul, Korea)를 사용하였다. 저온 동결 보 존된 조직시료를 grinder로 미세하게 갈았다. RiboEx 용액 (1 mL/100 mg)을 조직에 넣고 잘 혼합한 후 실온에서 5분간 방 치하였다. Chloroform 0.2 mL를 넣어주고 혼합 후 실온에서 2분간 방치하였다. 원심분리를 시행하여 상등액을 새로운 tube에 옮겨 담고 isopropyl alcohol 0.5 mL를 넣어 10분간 실온에서 방치하였다. 원심분리를 시행하여 상등액을 제거 하고 75% EtOH로 세척한 후 DEPC-water로 녹여 -80°C 초저온 냉동고에 보관하였다. RNA quality 확인은 Agilent사 의 Bioanalyzer RiboPico 6000 chip을 이용하여 18S/28S 비 율 및 RIN (RNA Integration Number)을 조사하였다. 대조구 및 실험구 각각의 개체에서 추출한 total RNA는 동량을 얻 은 후, 혼합하여 실험에 사용하였다.

    3 NGS RNAseq 데이터를 이용한 생체지표유전자 발굴

    대조구 (15°C) 및 실험구 (20°C)에서 채집한 간 조직에서 추출한 total RNA는 DNase 및 Ribo-zero rRNA remove kit (Illumina, San Diego, CA, USA)를 이용하여 mRNA 및 noncoding RNA를 포함한 total RNA를 정제하였다. 정제된 RNA 는 short read로 sequencing하기 위해 random하게 fragmentation 시킨 후, 역전사 과정을 통해 cDNA를 합성하였다. 합 성한 cDNA fragment 양쪽 끝에 서로 다른 adapter를 붙인 후, ligation 시켰다. 다음으로 sequencing을 위하여 PCR 증폭 을 통해 양을 증폭시킨 후, size selection과정을 통해 200~ 400 bp의 insert size를 확보한 다음, paired-end sequencing으 로 cDNA fragment의 양쪽 말단으로부터 read의 length만큼 sequencing 시행하였다. Sequencing을 통해 얻어진 raw reads 의 quality control 분석을 진행하여 전체적인 read의 quality 와 total bases, total reads, GC (%) 등 기본 통계치를 생산하 였다. 분석 결과의 bias를 줄이기 위해 low-quality를 가지거 나 adaptor sequence, contaminant DNA, PCR duplicates와 같은 artifacts을 제거하는 전처리 과정을 수행하였다. 전처리 과정을 거친 reads들을 대상으로 splice를 고려한 HISAT2 프 로그램을 이용하여 reference genome에 mapping한 후, aligned reads를 생성시켰다. Reference 기반 aligned reads의 paired 정보를 이용하여 StringTie 프로그램을 통한 transcript 어셈 블리를 진행하였다. 대조구 및 실험구 각각의 간 조직 transcript quantification을 통해 얻은 발현량을 transcript length 및 depth of coverage를 고려한 normalization 값으로 계산하 였다. FPKM (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads)값으로 within normalization을 진행하여 expression profile을 추출하였다. 발현값을 통계적인 가설검 증을 통하여 차별 발현하는 유전자 또는 transcripts를 선별 하여 생체지표유전자로 선정하였다.

    4 역전사중합효소연쇄반응 (RT-qPCR)

    cDNA합성을 위한 역전사 반응 (RT; Reverse Transcription) 은 iScript cDNA synthesis kit (Biorad Co., Ltd., CA, USA)를 이용하였다. Total RNA 1 μg, iScript 5×Master mix 4 μL, iScript reverse transcriptase 1 μL 및 DEPC-water을 넣어 최종 반응용액 20 μL을 맞추어 42°C에서 1시간 반응하여 cDNA 를 합성하였다. 실시간 중합효소연쇄반응 (realtime-qPCR)은 iQ SYBR Green Supermix kit (BioRad Co., Ltd., CA, USA) 를 이용하여 수행하였다. cDNA 1 μL, primer 각각 1 μL, iQ SYBR Green Supermix (2×) 10 μL 및 DEPC-water을 넣어, 최종 반응용액이 20 μL이 되도록 맞춘 후에 real-time PCR machine (CFX96, Biorad Co., Ltd., CA, USA)를 이용하여 증 폭하고 형광량을 분석하였다. 유전자를 증폭시키기 위한 반 응 조건은 95°C에서 3분간 유지, 이후 95°C에서 30초, 60°C 에서 30초, 72°C에서 30초를 35 cycles를 반복하였으며, 마 지막으로 72°C에서 5분간 유지하였다. Melting curve의 분석 은 0.5°C 간격으로 60°C에서부터 95°C까지 상승시켰다가, 이 후 30°C에서 5분간 유지하였다. 상대적인 유전자 발현량의 결정은 2-ΔΔCt 방법 (comparative Ct method)을 이용하여 유전 자의 발현량을 분석하였다. 내재표준유전자로는 house keeping 유전자인 β-actin (ACTB)을 사용하여 발현량을 normalization시켰다. 프라이머 염기서열은 다음과 같다 (Table 2). 실시간 중합효소연쇄반응은 5회 반복 실험하였다.

    5 통계학적 분석

    대조군과 실험군과의 유의성 검정은 Student’s t-test로 비 교하였으며, p가 0.05 및 0.01 이하인 것만 유의한 것으로 판 단하였다.

    결과 및 고 찰

    NGS RNAseq 분석을 통해 15°C 사육 대서양 연어 치어 간 조직에서 18,919,020개 reads가 생성되었으며, 총 길이의 합은 1.9G bp로 생산되었다. GC content (%)가 48.64%였으 며, 염기 품질 점수 30 이상을 갖는 염기의 비율 (Q30, %)은 94.66%이었다. 또한 20°C 사육 대서양 연어 치어 간 조직에 서 17,603,894개 reads가 생성되었으며, 총 길이의 합은 1.8G bp로 생산되었다. GC content (%)가 49.39%였으며, 염기 품 질 점수 30 이상을 갖는 염기의 비율 (Q30, %)은 94.89%이었 다. 15°C 및 20°C 대서양 연어 치어 간 조직에서 생성된 전 사체 mapping 효율은 각각 96.91% 및 96.7%를 보였다 (Table 3). 대서양 연어 치어를 대상으로 NGS RNAseq 분석 연구의 목적은 수온의 변화에 보다 효율적이며, 민감하게 반응하는 전사체 유전자를 다수 확보하고 그 중에서 생체지표유전자 를 선정하고자 하는 것이었다. 따라서 NGS RNAseq 전사체 분석 데이터를 확보한 후, 정상 (15°C) 및 고수온 (20°C) 두 실 험구간 차별 발현하는 유전자를 선별하기 위하여 |fc|>=2 조건을 만족하는 유전자 1,336개를 준비하고, 그 유전자 중 에서 15°C 사육 대서양 연어 치어 대비 20°C 사육 대서양 연 어 치어에서의 증가 발현된 유전자 880개, 감소 발현된 유전 자 486개를 분석하였다. 이 중에서 ① interferon alpha-inducible protein 27-like protein 2A transcript variant X3, ② protein L-Myc-1b-like, ③ placenta growth factor-like transcript variant X1, ④ fibroblast growth factor receptor-like 1 transcript variant X1, ⑤ transferrin, ⑥ intelectin, ⑦ thioredoxin-like, ⑧ c-type lectin lectoxin-Thr1-like, ⑨ ladderlectin-like, ⑩ calponin-1 유전자들을 생체지표유전자로 선정하였다 (Table 4). 선정된 유전자들은 수온의 변화에 의해 민감하게 반응하 는 유전자들로 수온 상승에 의해 발현이 유의적으로 증가한 유전자와 감소한 유전자가 있으며, 이들 유전자들은 주로 면 역반응에 관여하는 유전자들이다. 본 연구의 목적은 환경요 인 중에서 정상 수온보다 높은 수온의 변화에 따른 스트레 스에 의해 발생 가능한 대서양 연어 치어의 생리상태를 생 체지표유전자의 발현 양상을 이용하여 평가하는 데 있다. 유 전자 발현을 통한 생체지표유전자의 선정 조건은 환경요인 의 영향에 민감하게 반응하여 유전자의 발현 변화가 큰 유 전자가 적합하다. 선정된 유전자들은 NGS RNAseq 분석을 통해서 수온의 변화에 민감하게 반응 발현한 유전자들이다. 이들 유전자를 RT-qPCR 반응을 통해 발현 양상을 살펴본 결과 NGS RNAseq 분석을 통한 발현 양상과 매우 유사하게 나타났다 (Table 4, Fig. 2). 발현 fold change 값은 차이가 있 었으나 유의적 증가 및 감소의 양상은 유사하게 나타났다.

    본 연구에서 생체지표유전자로 선정하여 연구한 유전자들 의 기능은 잘 알려진 것도 있으나, 대부분 잘 알려져 있지 않 은 상태이다. 특히 연어를 비롯한 어류에서는 연구가 미약한 현실이다. 따라서 포유류 및 유사 유전자들의 기능을 통해 유 전자의 기능을 살펴보면 다음과 같다. Interferon alpha-inducible protein 27 (IFI27)는 인터페론 알파 유도 단백질로 피 부조직의 병변 부위의 상피 증식 및 암세포에서 발현이 증 가하는 것으로 알려져 피부 암의 생체지표로 제시되고 있다 (Suomela et al. 2004). Protein L-MYC은 MYCL 유전자명으 로 통하며 전사인자로서 암에서 종양발생을 촉진하며, 배아 및 기관 발생에 관여한다고 알려져 있다 (Soucek et al. 2008; Schick et al. 2017). Placenta growth factor (PlGF)는 혈관내 피세포성장인자의 내피 성장 및 투과 촉진을 증진시키는 mitogen이며, 암 생성 시 혈관형성인자로 알려져 있으며, 저 산소증이 PIGF 발현을 유도한다고 알려져 있다 (Green et al. 2001). Fibroblast growth factor receptor-like 1은 FGFRL1로 명명되며, 다양한 조직에서 세포의 증식 및 분화를 조절한다 고 알려져 있고, 초어 grass carp (Ctenopharyngodon idella) 를 대상으로 연구한 결과 배아발생 기관의 형성 시, 기관 특 이적인 발현 양상을 보여주어 기관형성에 관여한다고 알려 져 있다 (Lin et al. 2015). Transferrin은 TF로 명하여지며, 철 분 결합 당단백질로 병원균의 성장 및 증식을 억제하고, 병 원균으로부터 철분을 회수하며, 대식세포로 하여금 항균작 용을 강화시키는 등의 작용으로 병원균 감염 저항 작용을 한다고 알려져 있다. 어류에서는 Nile tilapia (Oreochromis niloticus)를 대상으로 세균 감염에 대한 숙주 방어 작용 및 간에서 발현이 높음을 확인하였다 (Yin et al. 2018). Intelectin 은 선천적 면역 반응 (innate immune response), 철분대사 및 초기배아발생에 중요한 역할을 하는 것으로 알려져 있으며, 포유동물과 양서류에는 구조 및 기능 등이 잘 알려져 있으 나 어류에서는 잘 알려져 있지 않고 있다. Blunt snout bream (Megalobrama amblycephala)에서 intelectin은 간에서 발현 이 높고, 발생단계에서 부화직후 발현이 가장 높다고 알려져 있다 (Ding et al. 2017). Zebrafish (Danio rerio)를 대상으로 면역 연구를 시행한 결과 zebrafish 성체에서는 장에서 발현 이 가장 높다는 연구 결과를 얻었다 (Chen et al. 2016). 반응 성 산소종 (ROS; Reactive oxygen species)은 방사선, 금속산 화 및 병원균 감염 등에 의해 생성되는데 ROS의 과다한 생 성은 세포사멸로 이어진다고 알려져 있다. Thioredoxin은 원 핵 및 진핵 생물 모두에서 발견되는 단백질로서 ROS의 활 성조절 효소로 면역학적으로 매우 중요하다고 알려져 있다 (Liyanage et al. 2018). C-type lectin은 세균에 대한 선천면 역 및 적응면역의 기능을 가지며, c-type lectin의 결함은 발 달 및 생리학적 이상 동반 및 질병 감수성을 낮춘다고 알려 져 있다 (Brown et al. 2018). Ladderlectin은 어류에서 intelectin과 유사하게 박테리아나 곰팡이 균의 수용체로 작용하며 면역 반응에 관여한다고 알려져 있다 (Reid et al. 2011). Calponin- 1은 수축성 단백질로서 고혈압에 의한 혈관재형성에 MMP (matrix metalloproteinase)와 함께 관여한다고 알려져 있다 (Belo et al. 2016).

    본 연구에서 생체지표유전자로 선정한 유전자들의 기능은 병원균 및 체내 스트레스로 인한 체내 생리 및 면역에 대처 하기 위한 단백질 유전자들로서, 수온 변화 등의 외부 환경 요인에 의한 스트레스에 민감하게 반응하여 발현하였다. 환 경요인이 야생 및 양식 생물의 항상성에 불균형을 초래하여 폐사에 이르게 하는 시간은 매우 짧게 나타날 수도 있다. 따 라서 생물의 스트레스에 따른 건강상태의 주기적인 점검은 매우 중요하다. 이러한 주기적인 점검을 시행하는 데 있어서 저비용이며, 빠른 시간에 점검할 수 있는 최상의 방법은 유 전자의 발현 분석을 통한 방법이다. 형태학적 혹은 사체 확 인 후의 점검은 비효율적이며 대처가 늦은 단점이 있다. 최 근 사람들을 대상으로 하는 진단 의학에 있어서도 생체지표 유전자를 이용하여 질병 및 향후 발생 가능한 질병을 예측 하고 있다.

    본 연구를 통해 대서양 연어 수온 변화에 따른 스트레스 상태 판단이 가능한 생체지표유전자를 확보하였다. 이러한 유전자들은 연어뿐만 아니라 다른 어종에도 적용 가능하기 에 산업적으로 매우 유용하리라 판단된다. 생체지표유전자의 준비는 환경요인에 대비한 선제적 적응 대책의 수립, 지역별 서식환경과 양식생물 간의 관계에 대한 변화체계 모니터링 및 데이터베이스 구축을 통한 안정적인 양식생산성 예측을 위한 기반 확보로도 중요하다. 학문적으로도 상기 유전자들 의 연어를 비롯한 어류에서의 기능에 대한 연구가 현재 미비 하기에, 환경요인에 대한 어류 스트레스 감소 기작의 연구가 필요하며, 본 연구결과가 유용하게 적용되리라 생각된다.

    적 요

    기후 변화로 인한 수온의 상승은 어류 서식지에 영향을 미친다. 수온의 변화는 어류 생리 거의 모든 부분에 영향을 미치는 것으로 알려져 있다. 기후 변화에 따른 수온의 상승 은 산소 용해도의 감소 및 산소 운반 헤모글로빈의 결합 능 력의 감소로 인해 저산소증을 초래할 수 있다. 본 연구는 대 서양 연어 (Salmo salar) 치어 성장의 최적수온 (15°C)보다 고 수온 (20°C)에 사육 시, 대서양 연어 치어의 건강상태를 평가 하기 위해 수행되었다. 평가 방법은 NGS RNAseq 분석방법 을 이용하여 생체지표유전자를 개발하고, RT-qPCR 분석을 이용하여 생체지표유전자의 발현양상을 조사하는 것이다. 개발한 생체지표유전자로는 interferon alpha-inducible protein 27-like protein 2A transcript variant X3, protein L-Myc- 1b-like, placenta growth factor-like transcript variant X1, fibroblast growth factor receptor-like 1 transcript variant X1, transferrin, intelectin, thioredoxin-like, c-type lectin lectoxin-Thr1- like, ladderlectin-like 및 calponin-1 등이다. 선택된 생체지표 유전자는 NGS RNAseq 분석을 통해 수온변화에 민감하게 발현한 유전자들이며, RT-qPCR 분석을 통한 이들 유전자의 발현 양상은 NGS RNAseq 분석을 통한 발현 양상과 매우 유사하게 나타났다.

    사 사

    이 논문은 2018년 국립수산과학원 수산과학연구사업 (R2018005)의 지원으로 수행된 연구이며, 연구비 지원에 감 사 드립니다.

    Figure

    KJEB-36-131_F1.gif

    Image of Atlantic salmon (Salmo salar) fry.

    KJEB-36-131_F2.gif

    Verification and evaluation of biomarker genes via RT-qPCR. A: interferon alpha-inducible protein 27-like protein 2A transcript variant X3; B: protein L-Myc-1b-like; C: fibroblast growth factor receptor-like 1 transcript variant X1; D: placenta growth factor-like transcript variant X1; E: transferrin; F: intelectin; G: thioredoxin-like; H: C-type lectin lectoxin-Thr1-like; I: ladderlectin-like; J: calponin- 1. 15: 15°C, 20: 20°C. *Significant difference from control based on Student’s t-test (*p<0.05, **p<0.01).

    Table

    Analysis of blood characteristics for the selection of experimental fishes

    PCR assays, including primers sequences and amplicon sizes

    Statistics of raw and mapped data

    1GC (%): GC content ratio
    2Q30 (%): Ratio with Phred quality score>30

    Expression of biomarker genes via NGS RNAseq and RT-qPCR analysis

    Reference

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    Vol. 40 No. 4 (2022.12)

    Journal Abbreviation 'Korean J. Environ. Biol.'
    Frequency quarterly
    Doi Prefix 10.11626/KJEB.
    Year of Launching 1983
    Publisher Korean Society of Environmental Biology
    Indexed/Tracked/Covered By

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